El Seminario Bautista de Colonia es un ministerio de la iglesia local para iglesias locales. Su concepto comenzó cuando, en 1998, el Pastor Archie y Ruth Perez llegaron a Colonia y comenzaron La Iglesia Bautista Fundamental. En el mismo año, Archie comenzó El Instituto Bautista del Uruguay con una visión de entrenar a jóvenes para llevar a cabo La Gran Comisión. Se reunían los viernes dando clases grabadas.

Jonathan y Micki Rehfeldt llegaron a Uruguay en marzo de 2015 para ayudar a los Perez con el instituto. El instituto todavía se reunía en la iglesia de El General, que había plantado otra iglesia en el barrio de El Real. En una reunión de equipo pastoral en abril de 2015, el pastor de la iglesia en El Real, Gabriel Chauvie, notó que sería bueno tener un edificio que pudiera servir el instituto y la iglesia, ya que esta todavía se reunía en casa de los Perez. Gabriel notó que una casa histórica, grande y vieja en el barrio de El Real de San Carlos se vendía. Nos pusimos a orar, y con tiempo, ¡Dios nos la dio!

Cambiamos el nombre del instituto a “El Seminario Bautista de Colonia” en 2015. Nuestro lema es “sembrar, cultivar, y defender la buena semilla de la Palabra de Dios”. “Sembramos” por medio de producir folletos y videos centrados en la doctrina bíblica y repartirlos en Uruguay y a través de nuestro sitio web. “Cultivamos” por medio de dar clases bíblicas y equipar a jóvenes para servicio en la iglesia local. “Defendemos” por medio de incorporar temas apologéticos en las clases y analizar críticamente doctrinas de moda en el mundo digital. Los mismos énfasis se notan en nuestra colección creciente de libros, videos, y tratados.